A Badacsony-hegynek a Balatonra néző lankái – köszönhetően a hely kedvező és vonzó természetföldrajzi adottságainak – már a történelem korai időszakában is szinte hívogatóan hatottak az egyes őskori és ókori törzse, népek, kultúrák embercsoportjaira, amelyek közül számos régészetileg is azonosított etnikum hagyta a vidék földjében tárgyi emlékeinek maradványait: a késő-bronzkor urnamezős kultúrájának nevezett pásztoraitól a harcias keltákon át a rómaiakig.
A magyar honfoglalás és a korai feudális állam kialakulásának időszaka után a középkorban a Badacsony déli oldalán két falu alakult ki: a mai Badacsonytomaj őse, Tomaj és Lád, amely a mai Badacsonylábdihegy elődje volt. Badacsonytomaj kora Árpád-kori lakosságát korabeli régészeti leletek tanúsítják, amelyek közül a legkiemelkedőbb az 1931-ben a Magyar Nemzeti Múzeumba került közel 40 darabos I. (Szent) László kori (1077-1095) ezüstpénz lelet volt.
Az írott források viszonylag későn említik első ízben Badacsonytomajt, mégpedig Károly Róbert király uralkodása idején, 1313-ban. A Badacsonytomaj történetére vonatkozó második okleveles említés szintén az Anjou-korból, I. (Nagy) Lajos király uralkodásának idejéből, 1344-ből való. Ebben az oklevélben több becses községtörténeti adat is fennmaradt, sőt, ekkor történt a plébániatemplom első említése is. Badacsonytomaj második Anjou-kori (1344) okleveles említésében értékes adatok találhatók a település középkori templomára vonatkozólag is.
A török hódoltság idején a település lakossága jelentősen megfogyatkozott, 1550-ben plébániája is elhagyatva állt, de a források szerint a település egyébként folyamatosan lakott volt. Az itt élők már ekkor is főleg szőlő- és gyümölcstermesztésből, halászatból éltek. A 18. század során Badacsony, illetve Badacsonytomaj fontos pihenőhellyé vált, bora kedvelt lett és a környéken sorra épültek itt a pincék és a borházak.
Badacsonyi bazaltbánya 1903-as megnyitásával a település fejlődése új irányt vett, a lakosság száma megkétszereződött, elindult az iparosodás. A Balaton északi partján 1909-ben megindul a vasúti közlekedés, ugyanettől az évtől lóvasút is járt a településen. A trianoni területveszteségek miatt a badacsonyi bányászat felértékelődött, ezért a hegy látványa és élővilága sajnos nagyon megsínylette a félévszázados bányászatot, ami csak 1965-ben fejeződött be, majd a további károkat megelőzendő a térséget hamarosan tájvédelmi körzetté nyilvánították.
A település a hozzá tartozó Badacsonyörs (korábban Kisörs) és Badacsony (korábban Hableány) településrészekkel együtt 2004-ben kapott városi rangot.
Források: http://www.badacsonytomaj.hu, www.wikipedia.hu